Salah satu program kesiswaan untuk pengembangan bakat organisasi dan kompetisi adalah dengan adanya Leadership School yang pesertanya berasal dari kelas 7 dan kelas 8.
Tujuan utama dari Leadership School yakni melatih para santri dalam keterampilan organisasi yakni, manajemen, public speaking, disiplin serta tanggung jawab. Sehingga alumni SMP Islam NFBS Serang bukan hanya unggul dalam bidang akademik namun unggul juga dalam bidang skill kepemimpinan.
Selain itu untuk pengembangan lainnya diadakan market day, outbond, panduan akhlak dan tata tertib santri, motivation training, kunjungan ilmiah, studi banding, dll.
Pembinaan organisasi siswa terdiri dari :