Fokus pendidikan NFBS ialah mengintegrasikan pendidikan agama (Ruhani), Akdemik dan Jasmani Kurikulum kami sendiri  Kurikulum kami mengacu pada standar kurikulum pendidikan nasional yang disesuaikan dengan kurikulum khas Nurul Fikri Boarding School.

Implemantasi dari bentuk program Pendidikan  kerohanian diisi dengan kurikulum yang dikomandoi oleh struktur BINA SANTRI yang berisikan kewajiban sholat berjamaah, tilawah dan doa khusus yang dilaksanakan di masjid didampingi oleh Dewan Kesejahteraan Masjid. Program ruhani ini juga didukung dengan penanaman Pendidikan karakter berbasis tarbiyah melalui mentoring maupun madrasah thullabiah dan juga target hafalan melalui levelisasi program tahfidz.

Adapun implementasi  program akademik mendukung target dari setiap level baik kelas 7 sampai kelas 12, yaitu adanya kelas super (khusus pembinaan santri diatas rata-rata untuk olimpiade nasional), Bimbingan Belajar Santri dan Sukses PTN (Khusus kelas 9 dan Kelas 12), Privat ( Khusus santri kelas 7-8-10-11 yang mengalami kesulitan di beberapa mata pelajaran), Tutor teman sebaya, weekly test dan Achivement Motivation Training dengan penyesuaian level baik di SMP maupun SMA.

Keseluruhan program Pendidikan terintegrasi dalam kegiatan ruhani,akademik dan juga jasmani yang mencakup ekstrakulikuler olahraga dan juga fasilitas olahraga yang disediakan oleh pesantren.