SMA Islam NFBS memiliki sistem untuk memaksimalkan potensi santri dengan pendidikan karakter kepemimpinan. Santri NFBS dibiasakan memiliki karakter mandiri dan memiliki ilmu pengetahuan agama serta akademis sekaligus.

SMA Islam NFBS memiliki keunggulan di bidang akademis dan bidang lainnya, terbukti dengan berbagai prestasi di tingkat nasional dan internasional. Keunggulan lainnya, SMA Islam NFBS menerapkan sistem pembelajaran yang mengintegrasikan nilai-nilai Islam di setiap mata pelajaran serta menerapkan pembelajaran berbasis lingkungan hidup.

Kurikulum yang diterapkan ialah kurikulum tahun 2013 bagi santri kelas 10 dan kurikulum KTSP bagi santri kelas 11 dan 12. Karya ilmiah dijadikan syarat bagi kenaikan kelas. Penjurusan sudah dilakukan dari kelas 10 dan tersedia dua jurusan yang dapat dipilih santri serta disesuaikan dengan kemampuan mereka, yaitu IPA dan IPS.

SMA Islam NFBS juga menyelenggarakan program bimbingan intensif menjelang pelaksanaan Ujian Nasional (UN) dan Seleksi Nasional Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN).