Program pendidikan di SMP Islam NFBS bertujuan utama memunculkan kepercayaan diri santri tentang kemampuan akademik mereka serta membentuk karakter dasar santri yang siap secara akhlaq, fisik, mental dan spiritual.

SMP Islam NFBS juga menitik-beratkan pada pembentukan santri bermental scienstist atau ilmuan yang berjiwa Al-Qur’an dengan monitoring dan evaluasi belajar santri terintegrasi.

Kurikulum SMP Islam NFBS sudah mengacu pada kurikulum nasional terbaru, yaitu kurikulum 2013 dan sebagian masih menggunakan KTSP yang diintegrasikan dengan kurikulum khas Nurul Fikri Boarding School.

Beberapa kegiatan belajar mengajar tambahan, antara lain: Les privat, remedial dan bimbingan intensif menjelang ujian nasional.